Les crêts du Jura sont la partie la plus orientale du massif et la plus élevé ; le point culminant, le Crêt de la Neige (1720 m), n’émerge guère d’une ligne de crête formée par plusieurs sommets.
En plaine se développe une campagne urbaine faite de mosaïque d’occupations agricoles et urbaines, avec des transitions brutales ou inexistantes.
Sur le massif, trois grands types milieux se répartissent en fonction de l’altitude :
- les pelouses des Bas-Monts sont enclavées entre des zones de bocage et la lisière inférieure des forêts du versant gessien.
- les forêts se développent de l’étage collinéen à l’étage subalpin ; elles forment un massif forestier de premier ordre, sur les deux versants, qui couvre 70% de la surface. Tous les types forestiers du Jura sont représentés.
- De vastes zones de pelouses d’altitude se développent au-dessus de 1 400 m, au sud du Col de la Faucille ; étendues par les hommes à partir des pelouses sommitales, elles sont plus ou moins maintenues par le pâturage extensif des bovins (ou des ovins) ; au nord du col, la forêt, largement dominante, laisse pointer une mosaïque de prés-bois et prairies.
Marais de l'étournel (POUGNY) dans le Pays de Gex :
En plaine, cohabitent haies bocagères héritées de l’élevage traditionnel, urbanisation rapide et parcelles agricoles productivistes.
De nombreuses zones humides plus ou moins grandes sont présentes dans la plaine ainsi que de nombreux cours d’eau. Au bord du Rhône, les milieux alluviaux sont bien développés, notamment sur le site de l’Etournel.
Sur le massif, les falaises, pierriers et éboulis abritent une flore et une faune spécifique. Les milieux humides sont rares et dispersés, du fait de l’importance du karst sur la chaîne. Les mares, dénommées « goyas », les zones humides à hautes herbes, les sources, les tufières, quelques micro-tourbières de pente, les écoulements temporaires et les berges de la Valserine sont autant de micro-milieux du plus grand intérêt. Le milieu souterrain est largement développé, avec plusieurs gouffres et d’innombrables lésines mais il demeure encore très largement méconnu.
La faune d’altitude est représentée par des espèces patrimoniales et emblématiques comme le Lynx, la Chevêchette d’Europe, l’Aigle royal, le Grand Tétras, le Pic tridactyle et la Rosalie des Alpes. Les inventaires naturalistes ont montré l’extraordinaire richesse spécifique notamment en flore, papillons rhopalocères…
En plaine, les milieux préservés de l’urbanisation et de l’agriculture intensive offrent des zones refuges pour la Chouette chevêche, la Huppe fasciée, l’Engoulevent d'Europe et la Pie-grièche écorcheur. Les milieux humides hébergent un cortège d’espèces spécialisées : la Rousserolle verderolle, la Laîche distique, lle Sonneur à ventre jaune, la Rossolis à feuilles longues, l’Ophioglosse commun…
Dans le milieu forestier, se pose d’une part la question du vieillissement des peuplements dans le cadre d’un retour à des dynamiques naturelles favorables à certaines espèces, et d’autre part la question du maintien d’un niveau d’intervention favorable au Grand-Tétras, espèce pour lequel l’Ain a une responsabilité toute particulière en Rhône-Alpes.
Ce territoire jouit de qualités paysagères reconnues. Ainsi, entre plaine du Rhône et Montagne le Pays de Gex possède une multitude de paysages surprenant dont le contraste est saisissant selon les saisons. Ces paysages bien que reconnues sont en proie à des dynamiques d’évolutions vers des paysages émergents ou de loisirs, liées au mode de vie et d’habiter développés dans la vallée.
Au sein du territoire franco-Valdo-Genevois, les paysages subissent de profondes mutations notamment dues à l’étalement urbain, ayant pour but de développer l’ensemble du bassin de vie proche des bassins d’emploi que représente notamment Genève : pression immobilière, logements, zones commerciales, zones d’activités concurrentielles, infrastructures de transport….
Les coteaux, piémont et crêtes du Jura sont majoritairement identifié comme espaces naturels protégés sur lesquels s’appliquent notamment la loi montagne. Le législateur a prévu, pour préserver au mieux ces paysages naturels, que divers instances se positionnent lorsqu’il est question d’un projet de développement. Garde-fou au n’importe quoi, les avis des personnes publiques associées sur les crêtes du Jura sont donné afin de respecter l’existant.
Au niveau de la plaine, la pression de l’urbanisation fait du Pays de Gex le secteur de l’Ain soumis à la plus grande vitesse de mutation. Ainsi d’importants enjeux se dessinent nettement différemment dans la vallée que sur les hauteurs: déprise agricole sur les piémonts, artificialisation et disparition des ultimes zones humides de plaine, des milieux naturels ou agricole dans la vallée au profit de l’extension des villes et du tourisme.
Ainsi, en plaine, la marge d’adaptabilité des producteurs notamment laitiers est aujourd’hui faible et la question du visage de l’agriculture d’ici 20 ans dans le pays de Gex peut être posée. Or si l’agriculture continue de décliner dans la plaine, notamment lié à la rareté du foncier disponible, les questions de l’entretien des bas-monts et des troupeaux disponibles pour les estives vont se poser aussi.
La plaine gagnerait à trouver un équilibre entre l’agriculture et l’urbanisation, évitant que la première ne disparaisse au profit de la seconde. Il conviendrait de stopper la consommation d’espace par les villas individuelles, de contrôler les extensions de villages en concentrant l’habitat en hameaux ou sous la forme de maisons mitoyenne
La mise en place d’un outil tel que "la trame verte et bleue" est un véritable enjeu de territoire vu la vitesse d’expansion des infrastructures et du bâti.
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